JR阿蘇高原線の駅一覧（正式名称: 豊肥本線）

JR九州による運行路線

JR鹿児島本線(博多～八代) 博多方面

熊本

↔ JR鹿児島本線(博多～八代) (JR九州)

↔ JR三角線（あまくさみすみ線） (JR九州)

↔ 熊本市電Ａ系統 (熊本市交通局)

↔ 九州新幹線 (JR九州)

平成

↔ 熊本市電Ａ系統 (熊本市交通局)

↔ 熊本市電Ｂ系統 (熊本市交通局)

東海学園前

原水

瀬田

立野

↔ 高森線 (南阿蘇鉄道)

赤水

内牧

阿蘇

いこいの村

宮地

波野

滝水

玉来

朝地

緒方

菅尾

犬飼

竹中

大分大学前

敷戸

滝尾

大分

↔ JR日豊本線(門司港～佐伯) (JR九州)

↔ JRゆふ高原線 (JR九州)

JR日豊本線(門司港～佐伯) 門司港方面