JR琵琶湖線の駅一覧（正式名称: 琵琶湖線）

JR西日本による運行路線

米原

↔ JR東海道本線(岐阜～美濃赤坂・米原) (JR東海)

↔ JR北陸本線(米原～敦賀) (JR西日本)

↔ 近江鉄道本線 (近江鉄道)

↔ 東海道新幹線 (JR東海)

彦根

↔ 近江鉄道本線 (近江鉄道)

南彦根

河瀬

稲枝

能登川

安土

近江八幡

↔ 近江鉄道八日市線 (近江鉄道)

篠原

野洲

守山

栗東

草津

↔ JR草津線 (JR西日本)

南草津

瀬田

石山

↔ 京阪石山坂本線 (京阪電鉄)

膳所

↔ 京阪石山坂本線 (京阪電鉄)

大津

山科

↔ JR湖西線 (JR西日本)

↔ 京阪京津線 (京阪電鉄)

↔ 京都市営地下鉄東西線 (京都市交通局)

京都

↔ JR京都線 (JR西日本)

↔ JR湖西線 (JR西日本)

↔ JR嵯峨野線 (JR西日本)

↔ JR奈良線 (JR西日本)

↔ 近鉄京都線 (近畿日本鉄道)

↔ 京都市営地下鉄烏丸線 (京都市交通局)

↔ 東海道新幹線 (JR東海)